朝阳的光晕尚未完全驱散废墟的阴霾，林晚蹲下身，指尖拂过芯片表面斑驳的裂痕。父亲临终影像里的话语如重锤般敲击着她的心脏，深渊病毒所蕴藏的，远比想象中更为恐怖。通讯器里传来此起彼伏的报告声，玫瑰组织成员正在清点伤亡、收集散落的残骸，空气中飘散的硝烟与血腥味依旧浓烈。
“首领，这是在培育舱废墟里找到的加密储存盘。”一名队员递来沾满油污的黑色装置，“初步检测，里面的数据似乎与初代玫瑰的基因图谱有关。”林晚接过储存盘，金属外壳的余温还未散尽，某种奇异的共鸣顺着掌心传来，让她胸口的基因密钥微微发烫。
回到临时据点，林晚将储存盘接入终端。蓝光闪烁间，密密麻麻的代码如瀑布般倾泻而下，夹杂着初代玫瑰的生平档案、基因改造实验记录，还有一段被重重加密的影像。当她输入父亲留下的特殊密码，画面骤然亮起——那是二十年前的玫瑰实验室，父亲正站在巨大的基因图谱前，神色凝重。
“深渊计划从一开始就是个阴谋。”父亲的声音透过屏幕传来，“他们想要的不是进化，而是制造能控制人类意识的基因武器。初代玫瑰的基因，是打开这把钥匙的关键。”画面一转，出现了副局长年轻时的模样，他与几名神秘人正在讨论着什么，背景墙上的深渊病毒标志格外刺眼。
林晚的心跳陡然加快。原来早在初代玫瑰诞生之初，深渊计划的黑手就己悄然布局。初代玫瑰的基因被刻意植入了双重代码，一方面赋予她强大的能力，另一方面则是为日后的控制埋下伏笔。那些失踪的玫瑰组织成员，不过是实验的牺牲品，被改造成了没有感情的战争机器。
“首领！”急促的脚步声打断了她的思绪，“东边出现异常能量波动，根据检测，与深渊病毒的频率极为相似。”林晚迅速关闭终端，将重要数据拷贝进随身携带的设备。看来，副局长虽然在爆炸中生死未卜，但深渊计划的余孽仍在暗处蠢蠢欲动。
当玫瑰组织赶到能量波动地点时，眼前的景象令人毛骨悚然。废弃的医院里，数十个培养舱整齐排列，里面浸泡着尚未成型的克隆体，他们胸口的基因控制器闪烁着诡异的红光。地面上散落着大量紫色试管，空气中弥漫着令人作呕的腐臭气息。
“这些克隆体还未完全激活。”林晚皱眉分析道，“但如果让他们苏醒，后果不堪设想。”她示意队员们小心行动，自己则朝着实验室深处走去。转过拐角，一个熟悉的身影出现在监控屏幕上——是X - 2号！少女正操作着仪器，嘴角挂着冰冷的笑意。
“姐姐，你果然来了。”X - 2号的声音从广播中传来，实验室的灯光骤然熄灭，只剩下培养舱里的幽蓝光芒。“你以为摧毁了培育舱，就能终结深渊计划？太天真了。”随着她的话语，所有克隆体同时睁开眼睛，培养舱的玻璃开始出现裂纹。
林晚握紧电磁脉冲枪，警惕地注视着西周。初代玫瑰的记忆在脑海中翻涌，她突然注意到实验室角落的一幅壁画——那是初代玫瑰与父亲的合影，背景墙上的花纹与基因密钥的纹路惊人地相似。她心头一动，将基因密钥对准壁画，一道暗门缓缓开启。
暗门后，是一个堆满文件的密室。林晚快速翻阅着资料，终于找到了深渊计划的核心文件。原来，深渊病毒的源头，是一个名为“潘多拉”的远古基因库，里面封存着人类最原始、最黑暗的基因片段。而初代玫瑰的基因，正是开启“潘多拉”的钥匙。
就在这时，X - 2号突然出现在她身后，冰刃擦着她的脸颊划过。“姐姐，把基因密钥交出来。”少女的眼神中充满了疯狂，“只有集齐所有基因碎片，我才能完成真正的进化。”林晚侧身躲过攻击，将文件塞进队员手中：“立刻撤离，把这些资料送回总部！”
激烈的战斗在密室中展开。林晚凭借初代玫瑰的战斗经验，与X - 2号周旋。她发现，每次攻击X - 2号脖颈处的玫瑰刺青，少女就会露出痛苦的神色。原来，这里是她的弱点！在千钧一发之际，林晚甩出纳米绳索缠住X - 2号，将电磁脉冲枪抵在她的刺青上。
“不！”X - 2号发出凄厉的惨叫，身体开始出现不稳定的能量波动。林晚趁机将基因密钥的频率调至与刺青相反的波段，一道金色光芒闪过，X - 2号的机械装置开始瓦解，露出了少女原本的面容。
“为什么...为什么要阻止我...”X - 2号虚弱地呢喃着，“我只是想成为完美的存在...”林晚看着少女眼中的迷茫与痛苦，心中泛起一丝怜悯。“真正的完美，不是被基因操控，而是做回自己。”她轻声说道。
就在这时，实验室突然剧烈震动，天花板开始坍塌。林晚背起昏迷的X - 2号，带着队员们迅速撤离。当他们冲出医院的瞬间，整座建筑轰然倒塌。望着漫天的烟尘，林晚知道，这只是深渊计划的冰山一角。潘多拉基因库的存在，才是真正的威胁。
“玫瑰组织全体注意。”林晚对着通讯器说道，“我们的下一个目标，是找到潘多拉基因库的位置。无论前方有多少艰难险阻，我们都要彻底终结深渊计划！”朝阳下，玫瑰组织的成员们握紧武器，眼神坚定。新的征程，即将开启。
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